Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

Нужно поставить тире, этот знак отделяется пробелами от предшествующего и последующего слов. 

Вы проводите аналогию с кубом, но объем – это не только 'величина чего-либо в длину, высоту и ширину, которая измеряется в кубических единицах', но и 'вообще величина, количество, размеры чего-либо'. Впрочем, и в этом значении неудачно: снизить, повысить объем, предпочтительно: уменьшить, сократить объем и увеличить, расширить объем.

Правильно: низкий уровень шума и вибрации. Здесь очевидно, что слова низкий уровень относятся и к шуму, и к вибрации, поэтому нет необходимости ставить эти слова в форму мн. числа.

Если в прямую речь вставлено вводное слово говорит, указывающее на источник сообщения, прямая речь не выделяется кавычками. Верно: Да вот, мы, говорит, решили бизнесом заняться, но, говорит, денег нет...

Да, дефис во всех этих случаях ставится.

Правильно слитное написание.

Срок может быть большим, длительным или малым, коротким. Но никак не низким и не высоким.

В подобных ситуациях выделительную функцию выполняют прописные буквы, поэтому корректно написание без кавычек.

Можно найти аргументы в пользу обоих вариантов написания. Мы рекомендуем использовать вариант автора, С. Я. Маршака: В чистом поле теремок, теремок. Он не низок, не высок, не высок...