Корректно: Вы отвечали на этот вопрос не единожды, и каждый раз по-разному.
Как правило, слова тем более не являются вводными, запятые не нужны. Редкие исключения встречаются в художественной литературе.
Формулировка «текущий контроль успеваемости проводится по каждой теме учебной дисциплины» не указывает явно, сколько раз должен проводиться контроль.