Да, запятая нужна: И, как в лесу, было неуютно и глухо в этой необжитой комнате.
Фраза в целом корректна, однако некоторая грамматическая шероховатость в ней ощущается.
Поскольку сочинительный союз и союзное слово стоят в самом начале предложения, запятая не требуется.