Стилистически фраза построена не очень удачно.

Да, кавычки нужны. Во-первых, они указывают на синтаксическую несогласованность; во-вторых, показывают границы названия, состоящего  из нескольких слов, разделенных запятыми.

Если говорить только об орфографии и не обращать внимания на стилистическую несогласованность (канцелярское в отсутствие... и разговорное шоколадка в одной фразе; кроме того, в отсутствие обычно указывает на лицо), то возможны оба варианта в зависимости от значения и контекста. Ср.:  В отсутствие в кармане пиджака шоколадки приходится закусывать чипсами и В отсутствии в кармане пиджака шоколадки он не видел ничего страшного.

Да, тут или слово обычно лишнее, или форма глагола неверна. Кроме того, если оставить слово обычно, то нельзя писать на ваш счет, так как у читателя может не быть счета или ему не переводят деньги.

Возможный вариант: Обычно они приходят на счет или карту в течение 3–5 рабочих дней.

Сочетание составлено некорректно. Возможный вариант: создание проектов, их развитие и управление ими.