Сочетание пройти маршрут корректно.
Ср.:
Другие придут, сменив уют
На риск и непомерный труд, –
Пройдут тобой не пройденный маршрут.
(В. С. Высоцкий)
В этом предложении лишняя запятая перед союзом. Корректная пунктуация: Первый из них, пользующийся авторитетом технократ Нхлахла Нене, был «назначен на другой пост» после того, как он выразил несогласие с непомерными планами расходов.