В историческом корне слова презирать происходит чередование гласных и нуля звука: -зер-/-зир-/-зор-/-зр- (зеркальный, созерцать, взирать, надзирать, надзиратель, озирать(ся), презирать, взор, обзор, зоркий, зрение, обозрение, подозревать, презрение, прозрачный, невзрачный). Корень -зир- без ударения пишется перед суффиксом -а-.