Запятые факультативны.
Такой слогораздел корректен.
Поскольку названия кораблей — условные наименования, наподобие названий литературных, музыкальных и т. д. произведений, в них используются кавычки всегда, независимо от наличия или отсутствия родового слова: «Ниагара» и «Доблестный» отправились в путь (сравним: «Утро в сосновом лесу» было написано в 1889 году).
Правильно: через реку Ангару, в городе Иркутске. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Со строчной и с кавычками.
Верен первый вариант.