Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант. 

Эти сочетания пишутся без кавычек.

Принято написание без наращения.

Увы, здесь возможны оба варианта толкования. 

В первом случае кавычки обязательны. В последующих вариантах постановка кавычек зависит от конкретного названия.

Запятую следует поставить.

Пунктуация в Вашем отрывке верна.