Слова костёл и котёл имеют разную акцентную парадигму: ударение во всех падежных формах первого существительного падает на 2 слог, и этот гласный не подвергается редукции; ударение во всех падежных формах второго существительного падает на окончание, и второй гласный редуцируется. Отчасти такое положение дел можно объяснить тем, что слово костёл представляет собой достаточно позднее заимствование.
Подлежащее — летучая мышь. Оба слова являются единым наименованием действующего лица.
"Правильно" можно склонять только существительные литературного языка. МышА - нелитературно.
Допустимо с запятой и без запятой: тьфу ты, чёрт и тьфу ты чёрт. Чаще встречается вариант с запятой. Но окончательное решение – за автором текста.
При согласовании с прилагательным в мужском роде, конечно же, писать мягкий знак не нужно. Но следует учитывать, что такое согласование не отвечает нормам литературного языка.
Корректно: не запускается котел. Глагол заводиться может употребляться в тех случаях, когда речь идет о механизме, моторе.
Существительное мужского рода мыш не отмечается словарями литературного языка, но оно встречается в диалектах, разговорной речи, художественных произведениях. Подобные примеры можно найти с помощью «Национального корпуса русского языка» или сервиса books.google.ru, см. также «Словарь русских народных говоров». Если автор использует слово мыш целенаправленно (например, как стилистическое средство), то исправлять его не нужно.
