Мутировать — испытывать мутацию. Глагол с таким значением не может быть переходным, использовать его указанным Вами образом нельзя.
Решение принимает цитирующий, но желательно уведомить читателя о том, что орфография и пунктуация авторские или, напротив, приведены к современной норме. В некоторых случаях сохранение орфографии и пунктуации оригинала может быть принципиальным.