Правильно: государственный музей-заповедник (прилагательное государственный относится к обеим частям наименования "музей-заповедник").
Правило таково: сложные существительные и сочетания с однословным приложением, если в их состав входят самостоятельно употребляющиеся существительные и обе части или только вторая часть склоняются, пишутся через дефис. Приведем другие примеры: дворец-музей, кассир-контролер, ковер-самолет, колония-поселение, кухня-столовая, музей-квартира, ресторан-бар, словарь-справочник.
Да, написано правильно. Слово кремль пишется строчными как второе слово наименований городских историко-архитектурных комплексов (но: Московский Кремль – как музей-заповедник и правительственная резиденция).