Это не вводное слово, а фразеологическое выражение. Если что — Разг. В необходимом случае. Нет, она тысячу раз права… Ребятам так нужны беседы по душам с другом, который много старше, мудрее, который сможет удержать, если что, добрым советом, натолкнуть на раздумье (А. Кузнецова. Земной поклон).
Знаки препинания в этом предложении расставлены верно. Запятая после слова понятно закрывает придаточное предложение.
Корректно: Постепенно, день за днём ты будешь становиться мудрее.
У сравнительной степени прилагательного нет окончаний, -ее (-ей) – это суффикс. Возможны оба варианта, они различаются стилистически: вкуснее (быстрее, скорее, мудрее...) – нейтральный вариант, вкусней (быстрей, скорей, мудрей...) – разговорный. От рода существительного это никак не зависит.
