Москва-сити может склоняться и не склоняться.
Орфографический словарь
Словарь допускает оба варианта употребления.
Лучше не склонять.
Фраза некорректна. Метрополитен – подземная, наземная или надземная городская электрическая железная дорога.
Пометы в словаре означают, что можно склонять: в Москве-Сити и можно не склонять: в Москва-Сити.