Беспредложный вариант удачнее.

Извините, вопрос непонятен.

Беспредложный вариант (орган сертификации) лучше.

Формально (с точки зрения «традиционной» академической грамматики) подлежащим в предложении является то, что выражено именительным падежом, а не то, что выражено формой косвенного падежа. В предложении Я люблю кофе подлежащее я, а кофе – дополнение; в предложении Мне нравится кофе подлежащее кофе, а мне – дополнение. Ср. такой пример: в предложении Саша не спит подлежащее Саша, а в предложении Саше не спится подлежащего нет, это односоставное предложение, а Саше здесь – второстепенный член предложения.

В то же время лингвисты – сторонники коммуникативного подхода к грамматическому строю русского языка (коммуникативная грамматика – относительно недавнее направление в лингвистической науке) скажут, что предложение Саше не спится – это инволюнтивная модификация обычного номинативно-глагольного предложения Саша не спит. Слово инволюнтивная означает, что грамматическое значение этой модификации – независимость предикативного признака от воли субъекта. Субъект же везде один – Саша. Предложение Мне нравится кофе тоже представляет собой модификацию (иного рода) предложения Я люблю кофе – в обоих случаях субъект – я, объект – кофе.

Верны варианты: изготовлено 10 тысяч машин в разных (различных) модификациях и изготовлено 10 тысяч машин разных (различных) модификаций. 

Возможный вариант: скорость модификации, а следовательно и скорость роста, выше.

Словосочетание орган по сертификации пишется со строчной буквы, так как оно не является названием конкретного учреждения или организации.

Да, все верно.

Слово каруд нужно склонять: ножны каруда; но: ножны кинжала каруд (в функции приложения - не склоняется). Аналогично - со словами ладук, когай, сай (слова на -а склоняются как существительные первого склонения: вода, земля).  Слово кусунгобу не склоняется.