Микроорганизм — неодушевленное существительное, поэтмоу верно: устранять вредоносные микроорганизмы.
Правильно: грамположительный, грамотрицательный.
Одно из значений слова грибок - споровый микроорганизм; разг. - заболевание, вызванное такими микроорганизмами; эпидермофития. Приводится пример: Грибковые заболевания.