Если на -я не падает ударение, правильно в дательном падеже: Милии. Правила не менялись.
Такие слова, как кальмары, крабы, креветки, мидии, омары, устрицы, согласно большинству справочников, могут употребляться как неодушевленные и одушевленные существительные, если речь идет о пище, но только как одушевленные, если речь идет о живых существах. Впрочем, в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка слова кальмар, краб, мидия, омар даны как одушевленные во всех значениях, поэтому лучше: Я приготовила кальмара. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Возможны оба варианта. Подробнее о склонении подобных имен см. в вопросе 235047.
Верно: коза ностра.
В орфографических словарях такое наименование не закреплено. Если оно является постоянным специальным (терминологичным) наименованием исторического события, то правильно написание с прописной: Григорианская миссия.