Слоговые аббревиатуры (т. е. аббревиатуры, состоящие из сочетания начальных частей слов, напр.: местный комитет – местком, продмаг, завхоз, комсомол) с основой на согласную относятся к словам мужского рода I склонения (Русская грамматика. М., 1980. § 588). Поэтому слова Мининфоком, Госкомтуризм склоняются.
Корректно: На государственном, региональном и местном уровне.
Слова главным образом обычно не обособляются. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Запятая нужна: она поставлена перед придаточной частью сложноподчиненного предложения.