Слово ретро употребляется только в значении "относящийся к прошлому, обращённый в прошлое", поэтому корректно ретроградный Марс, ретроградный Меркурий.
Запятая нужна. Если это заголовок, верно: Меркурий и Плутон, или Как работают левое и правое полушария мозга (без точки).
Планеты совершают движение, движение планет совершается — такие понятные для нас обороты встречаются в научно-популярной литературе по астрономии. Допускаем, что в цитируемом фрагменте текста оправданно сочетание движение происходит. Полагаем, что выражаемое в предложении суждение может быть передано менее сложной синтаксической конструкцией, избавляющей и от лексических повторов.
Возможны оба варианта. Скобки позволяют передать «отчужденность» вставки от остального предложения, но не препятствуют и согласованию поясняющих приложений с поясняемым существительным.
О фломастере правильно: маркер.
«Большой орфоэпический словарь русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной в значении 'приспособление для маркировки' допускает употребление вариантов ма́ркер и маркёр. Но по данным других словарей предпочтение следует отдать первому варианту.
Слово «перекур» образовано от глагола «перекурить» бессуффиксным способом, то есть путем отбрасывания суффикса.
Подробный ответ на этот вопрос Вы можете найти в разделе "Письмовник".