Франциско Костой и Коста.
Это опечатка, она родом из печатного издания «Большого толкового словаря». Исправили и сообщили главному редактору словаря С. А. Кузнецову. Спасибо за замечание!
Это слово пишется строчными буквами.
Оба варианта допустимы, в разных контекстах.
Здесь верно: Папа Римский; папа Франциск.