В ударной позиции букве О в русском языке соответствует звук [о] - огубленный гласный непереднего ряда среднего подъема; букве А соответствует звук [а] - гласный нижнего подъема.
Оптимальное написание: буква А, буква Я. Вместо прописной буквы можно использовать выделение курсивом или полужирным шрифтом, а также кавычками.
Такое различие в написании можно объяснить: к дефисно пишущемуся названию Абу-Даби слово Лувр не получится присоединить дефисом, а написание через тире Лувр — Абу-Даби слишком громоздкое и неудобное. Отсюда возникает вариант Лувр Абу-Даби. Кажется удачным решение авторов некоторых текстов, где встречается это название, использовать предлог в: Лувр в Абу-Даби.