Запятые в данном случае не нужна, так как оборот исходя из внутренних представлений тесно связан со сказуемым. 

Пожалуй, сочетание "темноволосый и не лишенный обаяния" действительно можно назвать лишенныйм внутренней логики. 

Правильно: Да, трудна дорога в космос. Но не менее труден путь преодоления старых представлений о нестандартных путях развития личности. 

Корректно: установить личность подозреваемых.  

Поскольку сочетание духовное развитие образует единое понятие, его элементы не следует разрывать оценочным прилагательным. Корректно: гармоничное духовное развитие.

Предпочтительно: Но несмотря на то, что человек не был центром мира, древнегреческие философы все же признавали, что он обладает уникальностью. Сравним примеры из параграфа 34.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, формально схожие с Вашим: Но мало того, что не было никогда такой неприязни, василёк с древних времён участвовал во многих красивых обрядах и празднествах (Сол.); Но прежде, чем говорить о личности офицера и его разговоре, необходимо попристальнее взглянуть на внутренность его балагана и знать хоть немного его образ жизни и занятия (Л.Т.).

Грамматически корректно: Справедливость этой мысли можно подтвердить на примере личности Петра I.

Сочетание тем не менее не вводное, запятая после него не ставится.

Говоря о нарицательных словах, вы, вероятно, имеете в виду правило 1956 года: «После согласных пишется е, кроме слов пэр, мэр, сэр, а также некоторых собственных имен, например: Улан-Удэ, Бэкон, Тэн». С середины ХХ века список исключений к правилу значительно пополнился новыми заимствованиями (например: бэкграунд, сэндвич (наряду с сандвич), фэнтези, хетчбэк), а также старыми словами, которые устойчиво писались с э вопреки правилу и первоначальной фиксации в орфографическом словаре (пленэр, мэтр). Более полный список слов с э дан в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря» (см. правило 6).  

Для русской передачи иностранных собственных имен были разработаны специальные рекомендации, см., например:

Р. С. Гиляревский, Б. А. Старостин. Иностранные имена и названия в русском тексте. 3-е изд., испр. и доп. М., 1985;

Инструкция по русской передаче английских географических названий / Гл. упр. геодезии и картографии при Совете Министров СССР. М., 1975. 

Запятая после личности не требуется. Но обратите внимание, что оборот с точки зрения научного объяснения стилистически небезупречен, его лучше перестроить.