Интересует орфоэпия (произношение) или орфография (написание)? Писать правильно: лихорадка Эбола. Произносится это название с ударением на втором слоге.
Пишется так: лихорадка Эбола. И название реки, и название болезни - с прописной буквы.
Кавычки не нужны.
Такие названия пишутся без кавычек, со строчной буквы.