Верно: Герой Советского Союза летчик, подполковник ФИО.
Воинские звания, стоящие непосредственно перед фамилией, не являются однородными по отношению к предшествующим приложениям, в Вашем случае — по отношению к почётным званиям. Запятая, указанная в скобках, не нужна.
Нужна запятая перед "будь то".