Обстоятельственный оборот с производным (непервообразным) предлогом в соответствии с, как и другие подобные обстоятельственные обороты, может обособляться в некоторых случаях, например для обозначения его границ. В приведенном предложении обособление уместно для удобства восприятия: нужно отделить обстоятельственный оборот с предлогом в соответствии с от обстоятельственного оборота с предлогом (тоже производным) в целях. Заметим, что знак препинания между этим последним оборотом и сказуемым приказываю не требуется: В соответствии с Федеральным законом «О музейном фонде», в целях всестороннего исследования поступивших предметов и определения их исторической значимости приказываю возложить обязанность по учету предметов на культурный центр.

Вы совершенно правы в своих рассуждениях.  

Слова в контексте «сибирской памяти» не являются уточнением, запятая перед или не нужна. Не вполне ясно, к чему относятся слова как его назвали. Возможно, их следует опустить или перенести в другую часть предложения. Повторять предлог в не нужно. Слово шире выступает в роли вводного и обособляется.

Корректно: Этот общий культурный феномен российской истории ярко проявляется в региональном контексте уральских городов или, шире, контексте «сибирской памяти».

Нет оснований для обособления слов или даже третье: Основное население городов из первого поколения мигрантов превратилось уже во второе или даже третье поколение «коренных» жителей. 

Словарная фиксация всегда несколько отстает от жизни языка. С этим приходится мириться.

При цитировании исторических документах нужно писать "буква в букву", т. е. с прописных. Вне цитаты - нужно следовать правилам употребления прописных букв (с прописной пишется первое слово в составе ряда наименований и имена собственные).