Крипта - часовня под храмом, использовавшаяся как место для погребения почетных людей (в средневековой западноевропейской архитектуре).
Такое слово не отмечается словарями русского языка.
В зависимости от контекста возможны оба варианта: как «создание скриптов», так и «создание скрипта».
Корректно: нет скрИпта. О каких разных значениях речь?
Корректно: в скрИпте.
В словарях ударений слово скрипт пока не зафиксировано. Но в некоторых толковых и орфографических словарях отмечается, что ударение в формах этого существительного должно сохраняться на основе (скрИпта, скрИпту). По Зализняку это та же модель, что и у слова завод. Ей же соответствуют другие слова мужского рода, оканчивающиеся на пт, например: рескрипт, манускрипт.
Первое сочетание нужно писать через дефис. В нем соединились самостоятельно употребляющиеся существительные и вторая часть склоняется.
Часть крипто- пишется слитно как первая часть сложных существительных, иноязычная по происхождению, оканчивающаяся на гласную и самостоятельно не употребляющаяся.