Крипта - часовня под храмом, использовавшаяся как место для погребения почетных людей (в средневековой западноевропейской архитектуре).
Такое слово не отмечается словарями русского языка.
Корректно: нет скрИпта. О каких разных значениях речь?
Корректно: в скрИпте.
В словарях ударений слово скрипт пока не зафиксировано. Но в некоторых толковых и орфографических словарях отмечается, что ударение в формах этого существительного должно сохраняться на основе (скрИпта, скрИпту). По Зализняку это та же модель, что и у слова завод. Ей же соответствуют другие слова мужского рода, оканчивающиеся на пт, например: рескрипт, манускрипт.
Как правило, в подобных названиях кавычки ставятся, однако написание конкретного названия зависит от регистрации в официальных документах.