Правильно с пробелом (как во втором варианте).
Правильно: в городе Краснодаре.
Правильно: в Краснодаре (Я живу в Краснодаре, в Москве, в Петербурге и т. д.). В канцелярской речи употребляется вариант в г. Краснодаре, в городе Краснодаре.
Правильно: в Краснодаре, в г. Краснодаре.