Современные нормативные словари рекомендуют писать слово краснознамённый со строчной буквы.
Согласно правилу в производных от слов на -мя всегда пишется -нн-, например: временной (от основы косвенных падежей времен-), временный, именной, теменной, пламенный, краснознамённый, беременный. В двух случаях прилагательные от слов на -мя образуются при помощи суффикса не -енн-, а -янн-, однако удвоенный согласный при этом сохраняется: безымянный и бессемянный (при наличии варианта бессеменной).
Запятые не нужны.
Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота.
Отсутствие буквенных наращений в таких случаях - общая практика, которая идет вразрез с правилами.
Корректно: 11 отдельный кавалерийский полк; 432 гвардейский Архаринский ордена Ленина, Краснознамённый отдельный дорожный батальон имени Ленинского Комсомола; 1 отдельный гвардейский Свирский Краснознамённый сапёрный батальон.
