ТЭЦ — это более крупный объект с более широкими функциями. Мы не рекомендуем использовать слова ТЭЦ и котельная как синонимы.
Правильно: котельная (не котельня). Форма именительного падежа мн. числа: котельные, форма предложного падежа: в котельных.
Правильно: отдельно стоящая.