Знаки препинания во всех примерах расставлены правильно. Отметим, что приведенные варианты пунктуационного оформления не единственно возможные в этих предложениях, а чтобы решить, какой вариант предпочтителен, в каждом случае нужен контекст.
Если фамилия сопровождается мужским и женским именами, то она сохраняет форму единственного числа: поздравляем с юбилеем Ивана Ивановича и Ирину Петровну Короб.
Словарной рекомендации нет, однако корректным представляется управление дательным падежом (по аналогии со словом памятник): кенотаф кому.
Правильно: более пятисот коробок.
Правильно: в количестве 31 коробки и 15 папок.
Оба варианта возможны: Иванов Иван Иванович – директор ООО "Звезда". Иванов Иван Иванович, директор ООО "Звезда", также придет на встречу.
Правильно: кризис супружеской пары Ивана и Маши.
От имени Никита образуется отчество Никитич.