Если придаточная часть сложноподчиненного предложения стоит перед главной, запятая между частями союза перед тем как обычно не ставится. Запятая после придаточной части (после ПО) нужна.
В предложении обособлен пояснительный оборот после ознакомления с конфигурационными файлами.