Корректно: три контурные упаковки. При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре (а также от составных числительных, оканчивающихся на указанные цифры), определение, находящееся между числительным и существительным, в современном языке ставится, как правило, в форме именительного падежа множественного числа.
Запятая не нужна: Процедура интимной контурной пластики восполняет объем мягких тканей путем введения препаратов с гиалуроновой кислотой. Путём — предлог.