Рекомендуется выделить ряд поясняющих приложений с помощью парных тире: Данной лицензией разрешается использовать отходы, наименования и коды которых соответствуют классификатору отходов, — аккумуляторы с неслитым электролитом, аккумуляторы со слитым электролитом — в технологическом процессе в соответствии с техническим регламентом... Возможен также вариант с выделением скобками: Данной лицензией разрешается использовать отходы, наименования и коды которых соответствуют классификатору отходов (аккумуляторы с неслитым электролитом, аккумуляторы со слитым электролитом), в технологическом процессе в соответствии с техническим регламентом...

Союз а также в этой ситуации избыточен. 

"Общероссийский классификатор стран мира"  (ОКСМ) принят и введен в действие постановлением Госстандарта РФ от 14 декабря 2001 г. N 529-ст) (с изменениями № 1/2003, 2/2003, 3/2004, 4/2004, 5/2005, 6/2006, 7/2006, 8/2008, 9/2009, 10/2010, 11/2011, 12/2011, 13/2011, 14/2011). ОКСМ гармонизирован с Международным стандартом ИСО 3166-97 «Коды для представления наименований стран», разработанным Международной организацией по стандартизации (ИСО), и Межгосударственным классификатором стран мира MK (ИСО 3166) 004-97.

Правильно: ко́дов. Во всех формах слова код ударение падает на основу. 

Запятая перед пока нужна. Обратите внимание, что нет оснований писать слова внутри предложения с большой буквы.

Написание зависит от значения: считаные (=немногочисленные, прилагательное от глагола несовершенного вида считать) и считанные (= те, которые были считаны; причастие от глагола совершенного вида считать, который употребляется как информационный термин в знач. 'получить, снять информацию').

Ударение остается на корне: коды.

Правильно: строчнАя буква, кОды.

Пунктуационно верно: В связи с апгрейтом системных блоков у диспетчеров, просим Вас выслать нам новые коды активации и разблокировки для программы.

Верно: коды.