Корректно: верхушка легких немного, на 1-3 сантиметра, выступает за ключицу.
Правила таковы. Если при склонении слова гласный в суффиксе исчезает, следует писать е: замочек – замочка, барашек – барашка, горошек – горошка. Если же гласный не исчезает, пишется и: ключик – ключика, домик – домика, столик – столика. При изменении слова огуречик гласный не исчезает (огуречика, огуречику), поэтому пишем и.
Второй вариант лучше.
Возможна постановка интонационно-логического тире.
Оба варианта возможны.
Запятая не нужна: В случае необходимости генерации нового ключа процесс повторяют.
Точка как знак сокращения сохраняется перед восклицательным знаком.