Верно: согласно протоколу.
Правильно: протоколы.
Форма именительного падежа мн. числа – протоколы.
Верно: согласно протоколу, согласно письму.
Форма именительного падежа множественного числа - протоколы.
Во исполнение = для исполнения, ради исполнения. В исполнении употребляется с иным значением.