Запятая нужна. Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения.

Верен первый вариант.

Корректно: кандидат на обучение в институте. 

Правильно: к. м. н.

Предпочтительно формальное согласование: будущий кандидат.

Подобные фразеологизированные конструкции (ср. также: взять в жены, набиваться в друзья, пойти в няньки) обозначают вхождение кого-либо в определенный круг лиц – отсюда и множественное число.

Но гораздо интереснее трансформация, происходящая не с категорией числа, а с категорией одушевленности/неодушевленности. Обратите внимание: слова, называющие лиц, ведут себя как неодушевленные существительные: винительный падеж совпадает с именительным, хотя в других контекстах он, как и полагается, совпадает с родительным: вижу президентов, жен, друзей. Академическая «Русская грамматика» (М., 1980) называет подобные формы «единственным отступлением от последовательного выражения одушевленности во мн. ч.». Синтаксисты так объясняют этот феномен: собирательность в этих формах подавляет одушевленность.

Слово кандидатка может использоваться, однако не во всех ситуациях. В официальной речи оно будет восприниматься как несколько сниженное, ироничное.