Казань – существительное женского рода: в Казани.
Корректно: в городе Казани.
Лучше: агентство Казани.
Да, географические названия (в т. ч. названия городов) пишутся без кавычек, но вряд ли здесь это правило применимо. Такое название нехарактерно для русской топонимики, так в нашей стране города не называются. «СМАРТ Сити Казань» – не столько географическое название, сколько условное название бизнес-проекта, поэтому кавычки уместны. Кроме того, кавычки помогают читателю воспринимать нехарактерное (в том числе и с точки зрения графического оформления) для русского языка сочетание как единое название.
Корректно: города Казани, о городе Чистополе.
Правильно: в городе Казани. См. в «Письмовнике».
См. в «Письмовнике».
Слова Казань, Москва, Новгород, Кострома относятся к разным склонениям. О склонении существительных читайте в пособии Е. И. Литневской.
Запятая не требуется.