В подобных случаях рекомендуется (при условии, что для этого есть технические возможности) использовать кавычки разного рисунка: ООО «ПКФ "Линта"», Акционерное общество «Судоремонтный завод "Красные Баррикады"». Если же такой технической возможности нет, то закрывающие кавычки ставятся только один раз. Кавычки одного рисунка рядом не повторяются. Допустимый вариант: ООО "ПКФ "Линта", Акционерное общество "Судоремонтный завод "Красные Баррикады".
Запятую ставить не нужно. Но это разные случаи: в Вашем вопросе – однородные придаточные, а в предложении, о котором идет речь, запятая не ставится, т. к. части сложносочиненного предложения (у этого героя нет мечты и он ничего не умеет) имеют общую, поясняемую ими, часть сложного предложения (на самом деле там грустный финал).
Действительно, запятая после слов в настоящее время не нужна. Нет совершенно никаких оснований для ее постановки.