Да, здесь должно быть с прописной: Пушкинский Дом. Исправлено. Спасибо за замечание!
Верное написание: подынститут.
Пединститут пишется через И. Подынститут – правовой термин, например: институт брака и подынститут заключения брака.
Сокращать нужно тогда, когда необходимо сэкономить место на листе. В Ваших примерах можно использовать полное и сокращенное написание.
Указанные запятые нужны в том случае, если оборот имеет значение причины (музеи претерпевают изменения, потому что они являются институтом культурной и научной жизни). Если такого оттенка значения нет, запятые не нужны.
Орфографически возможно: астрент. Мы передадим Ваш вопрос Орфографической комиссии РАН.
Институт как первое слово в составном собственном наименовании пишется с большой буквы.
Четких правил, как писать названия специальностей, нет. Мы рекомендуем писать названия специальностей в кавычках с маленькой буквы: Он окончил институт по специальности "техника оформления спектаклей". Он работает по специальности "инженер".
Такого правила не существует. Правила переноса одинаковы для нарицательных и собственных существительных.
Приводим формулировки правил.
В названиях, начинающихся на Северо- (и Северно-), Юго- (и Южно-), Восточно-, Западно-, Центрально-, с прописной буквы пишутся (через дефис) оба компонента первого сложного слова, напр.: Северо-Байкальское нагорье, Восточно-Китайское море, Западно-Сибирская низменность, Центрально-Черноземный район, Юго-Западный административный округ. Так же пишутся в составе географических названий компоненты других пишущихся через дефис слов и их сочетаний, напр.: Индо-Гангская равнина, Волго-Донской канал, Военно-Грузинская дорога, Алма-Атинский заповедник.
В названиях учреждений, организаций, начинающихся географическими определениями с первыми компонентами Северо- (и Северно-), Юго- (и Южно-), Восточно-, Западно-, Центрально-, а также пишущимися через дефис прилагательными от географических названий, с прописной буквы пишутся, как и в собственно географических названиях, оба компонента первого сложного слова, напр.: Северо-Кавказская научная географическая станция, Западно-Сибирский металлургический комбинат, Санкт-Петербургский государственный университет, Орехово-Зуевский педагогический институт, Нью-Йоркский филармонический оркестр.
Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся с прописной буквы, если они являются частью составных наименований – географических и административно-территориальных, индивидуальных имен людей, названий исторических эпох и событий, учреждений, архитектурных и др. памятников, военных округов и фронтов. В остальных случаях они пишутся со строчной буквы. Например: северокавказская природа и Северо-Кавказский регион, Северо-Кавказский военный округ.
См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006 (и более поздние издания).