Инновация - 1) нововведение; 2) новообразование, новое явление в языке; 3) в экономике - вложение средств, обеспечивающее смену поколений техники, технологии и т. п.
Это сочетание лексически избыточное, плеонастичное, поскольку слова внедрение и инновация имеют общие семантические компоненты.
Общего правила нет. В каждом конкретном случае написание проверяется в словарном порядке (по орфографическому словарю).