В данном контексте корректно использовать определение, согласованное с именем лица: Гражданка Российской Федерации Иванова Анна Петрова, применяющая специальный налоговый режим «Налог на профессиональный доход», именуемая в дальнейшем «Исполнитель».

Действительно, тире на месте пропуска слова делает структуру фразы более ясной, что может быть полезно в официальных документах для повышения читаемости и точности.

Корректно: 1. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Федеральный исследовательский центр «Институт ...............» (ИОФ РАН), именуемое в дальнейшем «Покупатель»... 2. ...в лице Генерального директора Гусевой Евгении Николаевны, действующего на основании...

Необходимы пробелы до и после тире.

Корректно: также именуемый "Компания".

Можем предположить, что такое название возникло благодаря созвучию сочетания ДК Чкалова и жаргонных слов чекалда, чекалдыкать. Поэтому мы рекомендуем писать так: «Чекалда». В «Словаре региональной лексики и народных топонимов города Новосибирска» И. В. Ливинской, А. И. Матвеева (Новосибирск, 2016) это название дано в двух вариантах: Чекалда и Чеколда, при этом вариант с А на первом месте. 

Сочетания с одной стороны, с другой стороны обособляются как вводные, когда речь идет о разных точках зрения на что-либо, когда противопоставляются разные обстоятельства, мнения, утверждения (с одной стороны, он прав, с другой стороны, это еще надо доказать). 

В рассматриваемой конструкции не идет речь о разных точках зрения, не противопоставляются какие-либо факты или мнения. Здесь существительное сторона употребляется в знач. 'человек, группа людей, организация и т. п., противопоставленные в каком-либо отношении другому человеку, другой группе лиц, организации и т. п.', ср.: враждующие стороны, договаривающиеся стороны, прения сторон и т. д. Никаких оснований для постановки запятых в данном случае нет.

В строгой деловой речи принято формальное согласование, по мужскому роду (безотносительно к полу лица): ООО «Лютик», именуемое в дальнейшем «Исполнитель», и индивидуальный предприниматель Иванова Алла Петровна, именуемый в дальнейшем «Заказчик» (согласование: индивидуальный предприниматель... именуемый).

В других формах письменной речи (а не в безликой канцелярской) будет уместен женский род. Например, в газетном тексте: Индивидуальный предприниматель Иванова обратилась в суд с требованием...

Верно: Индивидуальный предприниматель Сидорова Ольга Ивановна, именуемый в дальнейшем «Заказчик»... (и вторая сторона договора) заключили настоящий договор...

Правильно: Мы, Иванова Татьяна, проживающая по адресу: ... , именуемая в дальнейшем Продавец, и Сидоров Иван, проживающий по адресу: ... , именуемый в дальнейшем Покупатель, ...