Корректно: Такие исследователи, как В. И. Пантин, М. В. Ильин, Я. А. Пляйс, дали всесторонний анализ модернизационных процессов, происходящих в России.
О пунктуации при словах такой как см. в «Справочнике по пунктуации».
Если пишущий решил поставить логическое ударение на сочетании автор предложенного текста, а имени собственному придать уточняющий характер, то это имя собственное нужно обособить с помощью тире или запятой (см. пункт 2 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). В общем случае обособление не нужно (см. пункт 1 того же параграфа).
Не перемудрил, поскольку действующие правила правописания (и пунктуации) утверждены только в 1956 году.
Верно: одной из первых организаций...
Верно: Ильин. Однако это прилагательное употребляется довольно редко, обычно используют само имя в родительном падеже: (что-то) Ильи.
Эти определения не являются однородными и не разделяются запятыми.
Настоятель и иерей — неоднородные приложения к имени (должность и степень священства соответственно); обособление какого-либо из этих компонентов не требуется: Настоятель храма Ильи Пророка иерей Константин Воронов принял участие в торжественном событии.
Помета м. в словарях означает, что данное слово – существительное мужского рода.
