Корректно: И в заключение хотелось бы выразить слова благодарности.
Правильно: экспертное.
Правильно: «По вопросу о даче согласия на заключение договора».
Запятая после в заключение не нужна.
Под конец, в конце = в заключение (также в знач. предлога). С заключением диссертации возможны варианты (в зависимости от контекста).
Правильно: при заключении.
Верно написание с прописной буквы: Таможенный союз. Возможно, корректнее говорить о Евразийском экономическом союзе в этом контексте.