Миллениум – тысячелетие; граница тысячелетия. Использовать это существительное вместе со словом лет нельзя.

Это устойчивая конструкция, причем слово "тому" факультативно. Тому назад - "до настоящего времени, раньше, прежде".

Запятая не нужна. Это предложение по структуре простое, подлежащее выражено местоимением все, сказуемое – сравнением как пятнадцать лет тому назад. В таких случаях знак препинания обычно не ставится, но в случае акцентирования сказуемого допускается тире.   

Верно: причин этому много. Подробнее читайте в ответе на вопрос № 274298.

Смысл предложения неясен, поэтому мы затрудняемся дать точный ответ. Но обычно говорят: Как мог выглядеть...

Верно: Это было около двух-трех миллионов лет назад.

В современном языке тому назад – фразеологизованное наречное выражение. Думаем, что историческое значение слова "тому" можно очень приблизительно реконструировать следующим образом: год (исполнился) тому (событию)... Мы проконсультируемся со специалистами в области истории языка, чтобы выяснить правду.