Такое написание некорректно. Видимо, словарная рекомендация относится к произношению слова, а не к его написанию. Посмотрите внимательнее!
Ставить запятую в этом месте нет оснований.
Пунктуация корректна.
Запятая перед как нужна. Не ставить ее будет ошибкой.
Запятая перед первым союзом и не нужна, так как подчинительный союз если относится к обеим соединяемым частям: Если по прошествии этого времени все правильно сформировалось и у пациента нет никаких жалоб, то проводится установка постоянной коронки, и на этом процесс заканчивается.
Оба варианта корректны.
Возможно и единственное, и множественное число.