Склоняются обе части: Сивцева Вражка, Сивцеву Вражку, с Сивцевым Вражком, в Сивцевом Вражке.
Написание имен, в том числе входящих в их состав уменьшительно-ласкательных суффиксов -ек- и -ик-, подчиняется грамматическим и орфографическим правилам. В указанных суффиксах беглый гласный передается буквой е, небеглый – и: овражек – овражка, столик – столика. Поэтому правильно: Алик, Владик, Марик.
Обратите внимение: существует самостоятельное имя Марек западнославянского происхождения, в котором е беглым гласным не является.
Правильно: Я живу в Сивцевом Вражке.