Правильно: с доплатой в размере 2375,9 рубля.
Не вполне корректно выражение "оплата договора". Оплачивают обычно услуги, об оказании которых составлен договор.
При союзе как... так и... имя существительное, которому предшествует два определения, принимает форму единственного числа: как на платной, так и на бесплатной основе.