В этом случае нет оснований игнорировать указанный Вами пункт правил, тем более что в качестве примера в нем приводится, среди прочих, название «двойной должности» директор – художественный руководитель (в сочетании обратиться к директору – художественному руководителю). Структура названия должности в Вашем случае аналогична структуре названия из этого примера. 

Если человек одновременно является и главным специалистом, и педиатром в структуре Министерства здравоохранения, то рассматриваемые сочетания образуют двойное название должности, между частями которого ставится тире. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, где в качестве примера приводится название должности директор — художественный руководитель. 

В подобных двухчастных названиях должностей, хотя бы одна из которых содержит пробел, ставится тире вместо дефиса в соответствии с правилами координации: генеральный директор — генеральный конструктор. Сравним пример, приведенный в параграфе 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: директор —​​​​​​​ художественный руководитель (обратиться к директору — художественному руководителю), но директор-распорядитель (обе части не содержат пробелов). 

Обратите внимание, что названия должностей пишутся со строчной буквы.