Корректно: в приложении указываются дата и номер письма.

Запись в таблице 06—12.09.2026 вполне ясно указывает на период, нет оснований считать ее неправильной. В тексте лучше обозначить даты по-другому: Приезд делегации планируется на 9—10 сентября 2026 г.

Поскольку наречие наутро значит «утром следующего дня», дата может быть только уточнением по отношению к этому наречию (какого именно дня?).

Это начальственное указание?

Нет, в этом предложении нарушено правило согласования деепричастного оборота. Действие, обозначаемое деепричастием (деепричастным оборотом), относится, как правило, к подлежащему данного предложения, например: Подведя итоги прений, председатель собрания отметил общность взглядов докладчика и участников совещания. Если же производитель действия, обозначенного глаголом-сказуемым, и производитель действия, обозначенного деепричастием, не совпадают, употребление деепричастного оборота стилистически ошибочно, например: «Переходя через рельсы, стрелочника оглушил неожиданный свисток паровоза» (переходя относится к стрелочнику, а оглушил — к свистку).

Запрета на такое использование квадратных скобок нет. Квадратные скобки используются в специальных текстах, например:
1) для обозначения фонетической транскрипции;
2) для объяснения этимологии слова;
3) при цитировании: для расшифровки сокращений или внесения в текст мелких примечаний, например: Он [Платон Каратаев] сам не знал и не мог определить, сколько ему лет (Л. Толстой);
4) для указания на источник цитирования, например: Типографское назначение пунктуации состоит в «расчленении целого текста на части с тем, чтобы представить текст не как аморфную массу символов, а в виде единиц, быстро и четко различаемых глазом» [Веденина Л. Г., 1975, 156] (Н. Шубина);
5) для того, чтобы избежать употребления двойных скобок одного рисунка, например: добавка «Кола» [краситель «Карамель» (Е150)].

Между подлежащим и сказуемым-существительным на месте отсутствующей связки ставится тире: Место встречи — ресторан такой-то. Двоеточие будет уместно только в анкетном описании типа:
Участники встречи: ______
Дата и время встречи: ______
Место встречи: ресторан такой-то

Корректно: март 2003 г./года.

Этот вопрос, конечно, лучше адресовать составителям ГОСТа, но можно предположить, что, поскольку в самом тексте ГОСТа дважды фигурирует дата 1 января без начального нуля, на основной текст письма это требование не распространяется.

Корректно написание со строчной буквы.