Запятые нужны, но обратите внимание, что дополнение в данном случае не следует отрывать от причастия. Корректно: ГУП "Ромашка", организация, подведомственная Департаменту... города Москвы, выполняет работы...
Правильно: ГУП - государственное унитарное предприятие согласно «Русскому орфографическому словарю РАН» и МУП - муниципальное унитарное предприятие согласно www.sokr.ru
В устной речи склонение возможно, но на письме лучше аббревиатуру не склонять.